分子強化とは、ヒーローのスキルのレベルアップに必要な資源です。ヒーローのアルティメットまたはパッシブのスキルをレベル10までレベルアップできます。スキルをレベルアップすると、新たなメカニックをアンロックできます。

新たなGDA作戦「ウェルダン」か、装備ショップにて分子強化を獲得できます。