ストーリーミッション：ストーリーを進めながら、本拠地に新しい部屋を建設したり、新しいエリアをアンロックしたり、様々な報酬を入手したりできます。
スタンダードミッション：訓練に使用する写本が入手できます。
ルートミッション：装具アイテムの製作に使用する材料が入手できます。
レガシーミッション：情報を使用して、アサシンのアンロックや昇格に必要なDNAを入手できます。
断裂ミッション：ヘリックス断裂イベントやヘリックス断裂チャレンジの間にのみ挑戦できる特別なミッションです。