Las temporadas forman parte de las misiones de la campaña principal del juego e introducen tramas nuevas en el universo de Invencible. Estas tramas incluyen capítulos para que puedas avanzar y seguirlas fácilmente. La historia principal se divide en temporadas. Se trata de una nueva narrativa con personajes conocidos en la que te unirás a la Agencia de Defensa Global con el objetivo de desentrañar el misterio de un mortífero ejército de clones (y… ¿carne de hamburguesa robada?) junto Cecil Stedman, el jefe de la GDA.