Saisons sind Teil der Haupt-Kampagnenmissionen des Spiels, die dem Invincibles-Universum einen ganz neuen Erzählstrang hinzufügen. Du kannst diese Geschichte in Form von Kapiteln verfolgen und darin vorankommen. Die Geschichte ist neu, dreht sich aber um bekannte Charaktere – du schließt dich der Global Defense Agency an, um das Mysterium einer tödlichen Klonarmee aufzuklären (und das von … gestohlenem Burgerfleisch?). Dabei arbeitest du direkt mit dem Leiter der GDA zusammen, Cecil Stedman.